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（1）分子量定量
對于般常用的DNA膠片,利用分子量定量功能,通過對膠上DNA Marker條帶的已知分子量注釋,自動生成擬合曲線,并以它衡量得到未知條帶的分子量。通過這種方法所得到的結果較肉眼觀察估計要準確很多。
（2）密度定量
般常用的測定DNA(脫氧核糖核酸)和RNA(核糖核酸)濃度的方法是紫外吸收法,但它只能測定樣品中的總核苷酸濃度,而不能區分各個長度片段的濃度。
（3）凝膠成像密度掃描
在分子生物學和生物工程研究中,常用到的是對蛋白表達產物占整個菌體蛋白的百分含量的計算。傳統的方法是利用的密度掃描,但利用生物分析軟件結合現在實驗室常規配備的掃描儀或者直接用白光照射的凝膠成像就能完成此項工作。
（4）PCR定量
PCR定量主要是指，如果PCR實驗擴增出來的條帶不是條，那么可以利用軟件計算出各個條帶占總體條帶的相對百分數。

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