基線：基線是早期循環的噪點水平，通常在第3和第15循環之間測量，這是因為在此期間還檢測不到擴增產物引起的熒光值增加。用于計算基線的循環數量是可以改變的，如果使用高模板量或者靶標基因的表達水平高則循環數量需要減少。設置基線需要查看線性度擴增曲線的熒光數據。設置基線，使得擴增曲線的增長所開始的循環圈數大于基線循環zui高圈數。對每個靶標序列都需要單獨設置基線。早期循環檢測到的平均熒光值需要從擴增產物中獲得的熒光值中減去。各種real-timePCR軟件的版本允許單個樣品自動優化基線設置。
本底：是指反應中的非特異性熒光值，例如，低效率的熒光淬滅，或由于使用SYBR Green造成的大量雙鏈DNA模板。信號的本底分量由real-time PCR軟件算法數學除去。
報告基因信號 ：在real-time PCR過程中由SYBR Green或熒光標記的序列特異性探針產生的熒光信號。
歸一化報告信號（RN）：這是報告染料熒光強度除以在每個循環中測量的被動參照染料的熒光強度。
被動參比染料 ：在某些real-time PCR中，熒光染料ROX被用作熒光信號標準化內部參照。它可以逐孔校正因校正因移液不準確、孔位置及熒光波動造成的變動。
閾值：閾值調整到本底值之上并顯著低于擴增曲線的平穩值。它必須處于擴增曲線的線性區域內，代表了PCR檢出的對數線性范圍。閾值應在對數擴增曲線視圖中進行設置，以使PCR的對數線性期易于識別。如果real-time PCR中有多個目標基因，閾值必須為每個目標進行設定。
循環閾值(CT)或交叉點（CP）：擴增曲線穿過閾值的循環（即，熒光檢測值顯著增加的點）。CT可以是一個分數，并且可以計算起始模板量。
ΔCT值： ΔCT值描述了靶標基因和相應的內參基因CT值的差值，例如看家基因，并用于標準化模板的使用量：
ΔCT = CT (靶標基因) – CT (內源性參比基因)
ΔΔCT值：ΔΔCT值描述了感興趣樣品（例如，刺激細胞）的平均ΔΔCT值與參考樣本（例如，未刺激細胞）的平均ΔΔCT值之間的差值。參照樣品也被稱為校準樣品，并且所有其它樣品進行相對定量時都將被標準化到如此：
ΔΔCT = 平均ΔCT (感興趣樣品) – 平均ΔCT (參比樣本)
內源性參比基因：e這種基因的表達水平在樣品間不存在差異，例如看家基因(3)。對比內參基因與靶標基因的CT值可以將靶標基因的表達水平歸一化到輸入的RNA或cDNA的量（見上面關于ΔCT值部分）。反應中模板的確切數量不確定。內參基因對以下情況作出校正：可能的RNA降解或RNA樣品中存在酶抑制劑的情況，以及RNA含量、逆轉錄效率、核酸回收和樣品處理的變動。為了選出*的參照基因（多個），我們對算法進行了改進，允許其選擇依賴于實驗設置*參照（4）。
內參：在同一反應中被作為靶序列擴增的，并用不同的探針（即，進行雙重PCR）檢測的對照序列。內參經常被用來排除失敗的擴增，例如沒有檢測到目標序列的情況。
標定樣品：在相對定量中使用的參比樣品（例如，源自細胞株或組織純化的RNA），用以與所有其他樣品進行比較，以確定某一基因的相對表達水平。標定樣品可以是任何樣品，但通常是一個對照品（例如，未處理的樣品或來自實驗零時的樣品）。
陽性對照：使用已知量模板的對照反應。陽性對照通常用來檢查引物集或引物–探針集工作是否正常，以及反應是否正確設置。
無模板對照（NTC）：包含除模板之外的所有擴增反應所必要組分的對照反應。這使得發現由于污染的試劑或外源DNA造成的污染成為可能，例如從以前的PCR中。
無RT對照： RNA制備物可能含有殘留的基因組DNA，如果檢測不被設計為僅檢測和擴增RNA序列,其可以在real-time RT-PCR中進行檢測。DNA污染可以通過操作在其中沒有加入逆轉錄酶的RT對照反應來進行檢測。
標準品：已知濃度或拷貝數，用于構建標準曲線的樣品。
標準曲線：要生成標準曲線，CT值/不同標準稀釋的交叉點對標準物質輸入量的對數繪圖。標準曲線通常是使用至少5種不同濃度的標準稀釋倍比生成。每個標準曲線，應檢查其有效性，斜率值落在–3.3到–3.8之間。標準是各濃度一式三份的理想測定值。標準曲線的斜率如果與這些值差異較大則應該舍棄。
效率和斜率：標準曲線的斜率提供了對real-time PCR的效率指示。斜率–3.322表示該PCR具有數值為1的效率，或100％的效率，并且PCR產物的量在每個循環增加到兩倍。效率小于–3.322（例如，–3.8）則表示PCR的效率<1。通常，大多數擴增反應因為實驗的限制不能達到100％的效率。斜率大于–3.322（例如，–3.0）表明PCR效率似乎是大于100％的。當在反應中的非線性期對值進行測量時可能發生這種情況，或者它可以指示是否有抑制劑存在。
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